行政訴訟
概說
專利、商標專責機關所作出之行政處分是否合法或適當，固得經由專利、商標專責機關之自我省察與其上級機關之行政監督。倘若行政自我控制有不周詳時，而作出違法之行政處分，則必須藉由法院對專利、商標之行政行為作事後之審理，以司法審查之方式，確保法治國家依法行政之目的。
我國行政訴訟程序為二級二審制度，行政法院分為高等行政法院及最高行政法院，其中，第一審高等行政法院為事實審與法律審，終審最高行政法院則為法律審。惟由高等行政法院及最高行政法院構成之行政訴訟審判體系，隨者智慧財產法院成立後而有所改變，有關智慧財產案件之行政訴訟，第一審管轄法院由高等行政法院變更為智慧財產法院，不服智慧財產法院之上訴案件，仍以最高行政法院為法律審法院。
依行政訴訟法第三條規定：「前條所稱之行政訴訟，指撤銷訴訟、確認訴訟及給付訴訟。」其中人民單純請求撤銷行政機關對其不利之行政處分者，應提起行政訴訟法第四條之撤銷訴訟。倘若人民除請求行政機關除去對其不利之行政處分外，更要求行政機關應為行政處分或應為特定之內容之行政處分，可提起行政訴訟法第五條之課予義務之訴。另依是否須經訴願程序或不必先經訴願程序之區分，可分為二種類型，須經訴願程序之類型為，提起撤銷訴訟與課予義務訴訟，此為訴願前置主義。而提起確認訴訟與一般給付訴訟則屬不必先經訴願程序之類型。
撤銷訴訟
提起撤銷訴訟應以客觀上有專利、商標處分存在為前提，所謂客觀上有專利、商標處分存在，係指具有行政程序法第九十二條或訴願法第三條定義之專利、商標處分存在而言。而撤銷訴訟為行政訴訟法最典型之權利防禦的訴訟類型。
撤銷訴訟即舊行政訴訟法原有之訴訟，請求由行政法院就原違法之行政處分予以撤銷。撤銷訴訟之提起，行政訴訟法第四條規定：「人民因中央或地方機關之違法行政處分，認為損害其權利或法律上之利益，經依訴願法提起訴願而不服其決定，或提起訴願逾三個月不為決定，或延長訴願決定期間逾二個月不為決定者，得向行政法院提起撤銷訴訟。逾越權限或濫用權力之行政處分，以違法論。訴願人以外之利害關係人，認為第一項訴願決定，損害其權利或法律上之利益者，得向行政法院提起撤銷訴訟。」可以得知對於原違法行政處分，致損害人民權利或法律上利益，且經訴願程序不服其決定的處分相對人及利害關係人均可提起。
案例一
甲之發明專利被第三人以不具新穎性與進步性之專利要件為由，對之提起舉發撤銷，經專利專責機關審定結果，作成舉發成立之行政處分，甲不服提起訴願，遭經濟部決定駁回，甲得於專利訴願決定書送達後2個月內，向智慧財產法院提起撤銷訴訟以救濟之，並以智慧財產局為被告，請求專利訴願決定與原處分均撤銷，倘智慧財產法院認為原告甲之起訴為有理由，應將訴願決定與原處分一併撤銷。前經專利專責機關撤銷之專利權，即回復為未經撤銷前之狀態；反之，認為原告甲起訴為無理由，應以判決駁回原告甲之起訴。
案例二
乙之商標被第三人以不具識別性之商標要件為由，對之提起異議撤銷，經商標專責機關審定結果，作成異議成立之行政處分，乙不服提起訴願，遭經濟部決定駁回，乙得於商標訴願決定書送達後2個月內，向智慧財產法院提起撤銷訴訟以救濟之，並以智慧財產局為被告，請求商標訴願決定與原處分均撤銷，倘智慧財產法院認為原告乙之起訴為有理由，應將訴願決定與原處分一併撤銷。前經商標專責機關撤銷之商標權，即回復為未經撤銷前之狀態；反之，認為原告乙起訴為無理由，應以判決駁回原告乙之起訴。
訴願人以外之利害關係人，認為訴願決定，損害其權利或法律上之利益者，亦得向智慧財產法院提起撤銷訴訟。
課予義務訴訟
課予義務訴訟之功能，在於使人民對於違反作為義務之專利專責機關或其上級機關，經由智慧財產法院判決課予作成行政處分之義務。撤銷訴訟與課予義務訴訟之主要差異，在於撤銷訴訟僅請求撤銷違法之專利處分，而課予義務訴訟則有請求專利專責機關應為專利處分或應為特定內容之專利處分。
依行政訴訟法第五條第一項規定：「人民因中央或地方機關對其依法申請之案件，於法令所定期間內應作為而不作為，認為其權利或法律上利益受損害者，經依訴願程序後，得向行政法院提起請求該機關應為行政處分或應為特定內容之行政處分之訴訟。」同法第二項規定：「人民因中央或地方機關對其依法申請之案件，予以駁回，認為其權利或法律上利益受違法損害者，經依訴願程序後，得向行政法院提起請求該機關應為行政處分或應為特定內容之行政處分之訴訟。」第二項規定與第一項規定不同者，乃第二項規定係為拒絕申請作成授益處分之訴，指人民申請作成「授益處分」案件，經原處分機關予以駁回。而第一項是怠於行政處分之訴，指行政機關怠於作為，人民提起行政訴訟要求其作成行政處分或特定內容之行政處分。二者區別實益在於，僅在起訴前該管行政機關有無處分行為而已，其餘要件並無不同。
案例一
原告在專利舉發事件及專利申請事件中，其訴之聲明通常為：「請求訴願決定與原處分均撤銷，並命被告重為本件專利舉發案成立或不成立之處分」，或是「請求訴願決定與原處分均撤銷，被告對系爭案應為准予專利之處分」。
案例二
原告在商標異議事件及商標申請事件中，其訴之聲明通常為：「請求訴願決定與原處分均撤銷，並命被告重為本件商標異議案成立或不成立之處分」，或是「請求訴願決定與原處分均撤銷，被告對系爭案應為准予商標之處分」。
是以，若人民不服行政處分，經訴願程序而未獲救濟後提起之行政訴訟，其訴訟結果依行政訴訟法第二百條規定具有四種態樣：「行政法院對於人民依第五條規定請求應為行政處分或應為特定內容之行政處分之訴訟，應為下列方式之裁判：一、原告之訴不合法者，應以裁定駁回之。二、原告之訴無理由者，應以判決駁回之。三、原告之訴有理由，且案件事證明確者，應判命行政機關作成原告所申請內容之行政處分。四、原告之訴雖有理由，惟案件事證尚未臻明確或涉及行政機關之行政裁量決定者，應判命行政機關遵照其判決之法律見解對於原告作成決定。」
雖然有上述四種態樣可任法官判決之適用，惟在法院實務運作上，通常基於尊重行政機關之裁量權，尤其專利案件涉及高度專業技術性，而法官多僅具單純之法律背景，故無法於該等高度專業技術性逕為判斷。惟近年來在一些專利舉發爭訟案件中已逐漸出現此種自為判決。
行政法院自為判決後，依行政訴訟法第二百十五條規定：「撤銷或變更原處分或決定之判決，對第三人亦有效力」，行政訴訟法第二百十六條規定：「撤銷或變更原處分或決定之判決，就其事件有拘束各關係機關之效力。」，因此，參加人並未對判決提起上訴，可視該判決具有確定力、對世效力以及對行政機關具拘束力，參加人於後續之審查提出證據理由或不服被告行政機關所為之新行政處分後所提出之訴願、行政訴訟，依上開行政訴訟法之規定，應駁回參加人補提證據理由及行政訴訟之請求。
確認訴訟
依行政訴訟法第六條第一項：「確認行政處分無效及確認公法上法律關係成立或不成立之訴訟，非原告有即受確認判決之法律上利益者，不得提起之。其確認已執行而無回復原狀可能之行政處分或已消滅之行政處分為違法之訴訟，亦同。」本項規定前段確認行政處分無效之訴訟，是因為行政處分無效與得撤銷之行政處分於學理上是有不同之範圍。無效之行政處分是自始不生效，但得撤銷之行政處分經撤銷後才溯及自始無效，效力也有不同。
確認訴訟之目的並非在滿足原告某種請求權，而是在對於一已經存在的實質上權利，提供一種特別形式的權利保護。確認訴訟僅限於在判決中為宣示性、具有法律確定力之確認，判決本身並不含有命令給付之內容。提起確認行政處分無效須先經行政程序，所謂先經行政程序指應依行政程序法第一百十三條，請求原處分機關確認其無效，原處分機關未於三十日內確答者，或對無效有不同意見者，請求人即得提起訴訟。
案例一
甲與乙為發明專利權共有人，甲未得乙之同意將專利授權予他人丙實施，依專利法第六十四條規定，除共有人自己實施外，非得共有人全體之同意，不得讓與或授權他人實施。但契約另有約定者，從其約定。倘若甲未經乙之同意即授權丙實施，而專利專責機關未發現即准予授權登記。則共有人乙得提起確認之訴。如起訴時，該發明專利權尚在存續期間，應提起確認准予授權登記處分無效之訴。反之，乙起訴時，該發明專利期間己屆滿，該專利權已當然消滅，則應提起確認該准予授權登記處分違法之訴。
對非無效或未消滅之違法專利、商標處分，應提起撤銷訴訟，倘原告誤為提起確認專利、商標處分無效之訴訟，其未經訴願程序者，智慧財產法院應以裁定將該事件移送於經濟部，並以智慧財產法院收受訴狀之時，視為提專利、商標訴願。